Водоросли появились более 3 миллиардов лет назад, как первые низшие растения, многие биологи ставят водоросли в начало растительной системы. В аквариум они обычно попадают с кормом, с растениями и рыбами, а если они там находят хорошие условия, то очень быстро начинают размножаться, порой подавляя другие растения, забирая у них питательные вещества и кислород. В первые недели после оборудования аквариума надо особенно внимательно следить за водорослями, поскольку у растений обмен веществ довольно слаб и неизвестно, кто победит – посаженные высшие растения либо случайно попавшие в аквариум водоросли. В это время не стоит подсаживать в аквариум рыб, потому что растения пока не начали активное питание, а полезные бактерии не начали переработку отходов. Стоит густо посадить быстрорастущие растения, к примеру, кабомба, гигрофила, перистолистник и другие, а потом их можно заменить медленно растущими  растениями. Некоторые аквариумисты держат аквариум в слабоосвещенных местах, думая, что водоросли без света будут развиваться медленнее. Это не совсем верно потому, что существует ряд видов водорослей, которые развиваются именно при низкой освещенности.  На тему борьбы с ненужными водорослями существует много различных мнений, однако общих и единых мер борьбы так и не выработали, поскольку водоросли успешно приспосабливаются к любому  составу воды.К тому же при борьбе с водорослями не следует забывать о самочувствии и здоровье рыб и высших растений. У разных видов водорослей, как мы уже говорили, различные требования к освещенности. Однако, ясно одно: используя биологические методы, а именно – рыб и улиток, не получится уничтожить водоросли на длительный срок. При самом благоприятном исходе получится лишь сократить уже имеющиеся разросшиеся водоросли. Поэтому не благоразумно было бы забывать о специальных препаратах для уничтожения водорослей, которые можно найти в предприятиях специализированной торговли. Впрочем, при использовании этих препаратов нельзя забывать, что, уничтожая низшие растения, мы параллельно наносим определенный вред и нужным, высшим растениям. Сильно замедляет рост водорослей добавление в аквариум углекислоты. Также замечено, что водоросли не переносят, когда их беспокоят, поэтому как можно чаще, несколько раз в день следует  наматывать их на деревянную палочку и убирать из аквариума руками. Рекомендуется стимулировать разрастание нужных высших растений, поскольку они станут подавлять развитие водорослей, но при этом надо уменьшить количество рыб или убрать их совсем, увеличить яркость и продолжительность освещения аквариума, каждый день чистить грунт и менять одну десятую часть воды в аквариуме. Некоторые водоросли погибают от воздействия сульфата меди. Для этого необходимо приготовить раствор из расчета 1 литр воды на 1 грамм меди, потом добавлять его в воду в количестве 1-10 мл на 1 литр воды в аквариуме. Начинать рекомендуется со слабой концентрации, а если не будет действовать, то в этом случае дозу увеличить. Разумеется, рыб на это время надо отсадить.